Εκτός από την εσωτερική Εκκλησία της Οσίας Ειρήνης, η Μονή έχει και άλλα δύο εσωτερικά παρεκκλήσια: του Οσίου Ονουφρίου του ασκητού, ο οποίος εορτάζει στις 12 Ιουνίου και του Αγίου Ιώβ του πολυάθλου, ο οποίος εορτάζει στις 6 Μαΐου.

Τα εκκλησάκια αυτά, κοσμούνται με θαυμάσιες Βυζαντινές αγιογραφίες. Στον ελαιώνα της Μονής ευρίσκεται ανακαινισμένη η παλαιά Εκκλησία του Ταξιάρχου Μιχαήλ, παλαιού Μετοχίου της Μονής Ηλίων, η οποία πανηγυρίζει στις 8 Νοεμβρίου. Ο Άγιος Ταξιάρχης θεωρείται ο προστάτης Άγιος της περιοχής, η οποία έχει λάβει την ονομασία της από Εκείνον (Ταξιάρχης Ηλίων). Μεγάλος κεντρικός Ναός της Οσίας Ειρήνης δεν υπάρχει ακόμη, διότι η ολιγομελής αδελφότητα δεν έχει την οικονομική δυνατότητα να ολοκληρώσει την ημιτελή Μονή. Αξίζει να σημειωθεί ότι η Μονή, υπήρξε η πρώτη της Οσίας Ειρήνης της Χρυσοβαλάντου με το νέο (διορθωμένο Ιουλιανό) Ημερολόγιο.